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Détection rapide du transport d’organismes résistants aux antibiotiques pour la prévention des infections

Cependant, l’amélioration du délai d’exécution d’un test nécessite une attention supérieure à la TAT analytique, et ne se produira que si les tests postanalytiques testent les rapports. Les interventions de soins sont également rapides et efficaces Les obstacles au développement rapide du MDRO incluent des mécanismes de résistance évolutifs complexes, la performance directement sur des échantillons mixtes, comme les narines, les selles et l’adaptation de nouvelles méthodes pour un usage clinique diagnostique. Pour ces raisons, la détection rapide des transporteurs MDRO reste un travail en cours ici. Les efforts futurs devraient consister à développer des tests rapides pour détecter les bâtonnets gram-négatifs multirésistants, en particulier ceux contenant des β-lactamases, et à effectuer des tests cliniques. essais pour déterminer la meilleure façon d’intégrer la détection rapide de MD RO dans les efforts de prévention des infections associées aux soins de santé

résistance antimicrobienne, surveillance, prévention des infectionsComme l’émergence et la propagation de la résistance aux antibiotiques continue, la pénurie de nouveaux agents pour le traitement des organismes multirésistants MDROs est devenue une crise de santé publique urgente Parmi les MDRO, les plus répandues infection à Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline, Entérocoques résistants à la vancomycine ERV et une grande variété de germes multirésistants Gram-négatifs MDR-GNR: organismes résistants à la plupart ou toutes les classes d’antibiotiques disponibles par une myriade de mécanismes, y compris la production de En raison de l’augmentation des taux de résistance et des options de traitement limitées, la prévention des infections à MDRO est primordiale Les approches de prévention des MDRO peuvent être classées en mesures visant à améliorer l’utilisation des antimicrobiens, les mesures visant à prévenir la transmission de MDROs, et mesures visant à prévenir l’infection chez les patients porteurs non infectés de un MDRO Par exemple, le CDC recommande l’utilisation de précautions de contact pour tous les transporteurs MDRO pour prévenir la propagation de MDROs dans les établissements de santé , et certains hôpitaux pratiquent une décolonisation ciblée des porteurs de SARM pour prévenir une infection ultérieure le fait que les cultures cliniques de routine n’identifient qu’une minorité de ceux qui portent un MDRO , l’utilisation du dépistage actif pour le transport des MDRO devient plus courante. Les directives actuelles de la CDC reconnaissent la surveillance active du MDRO comme une mesure « tierce » importante à appliquer. Lorsque les éclosions ou les taux d’un MDRO ciblé ne diminuent pas Un des principaux obstacles à la surveillance active du MDRO est le délai d’exécution des méthodes de dépistage fondées sur la culture. Selon le MDRO, les analyses de culture peuvent durer entre à quel moment toute intervention doit être retardée ou doit être appliquée à tous les patients dépistés Pour cette raison, nous avons appelé la détection rapide de MDRO transport un «besoin clinique non satisfait» Le but de cette revue est de mettre à jour les progrès dans la détection rapide du transport MDRO pour la prévention des infections nosocomiales. Nous rapportons les progrès dans la disponibilité des diagnostics rapides pour MDROs, en insistant sur les leçons apprises expérience Ce n’est pas un examen exhaustif des technologies disponibles, mais plutôt un guide pratique à la fois sur les promesses et les limites de la détection rapide, surtout moléculaire, du transport par MDRO.

A quel rythme RAPIDEMENT ANALYTIQUE VERSUS RETOUR REELLE?

Pour les besoins de cette discussion, les tests rapides seront définis comme ceux qui fournissent un délai d’exécution d’un jour TAT Il est important de distinguer le TAT analytique du TAT réel d’un test, du moment où un test est ordonné au moment où le résultat Figure Un test rapide avec TAT analytique des heures qui est mis en lots et effectué une fois par jour représente peu d’amélioration de TAT sur certaines méthodes à base d’agar De même, les tests qui nécessitent une colonie bactérienne isolée à effectuer n’est pas vraiment « rapide », étant donné qu’il faut souvent des heures ou plus pour faire pousser l’organisme. Ainsi, les tests rapides les plus utiles sont ceux qui peuvent être appliqués directement aux échantillons de patients ou aux cultures en bouillon. le test rapide doit apporter un bénéfice, il doit y avoir un système de postanalyse pour que les résultats soient traduits en action, par exemple, l’institution de l’isolement, l’abandon de l’isolation, de la décolonisation A moins que les caractéristiques de performance ne soient bien meilleures, il n’y a pas de raison de passer à un test plus coûteux avec un TAT analytique plus court si le TAT réel du test n’est pas significativement réduit

SUREAU RÉSISTANT À LA MÉTHICILLINE

Parmi les MDRO, le SARM est l’organisme le plus expérimenté en matière de détection rapide du portage. La Food and Drug Administration des États-Unis a adopté largement les tests de réaction en chaîne de la polymérase en temps réel (PCR) approuvés par la FDA pour la détection directe du SARM. Cependant, malgré le fait que la présence d’un seul gène mecA soit l’étalon-or pour la détection de MRSA, le développement et l’optimisation des tests moléculaires appliqués directement sur des échantillons de patients ont été étonnamment compliqués. S aureus est hautement homologue à celui des staphylocoques à coagulase négative CoNS, et la plupart des CoNS sont résistants à la méthicilline Ainsi, le principal obstacle aux essais précoces utilisant des amorces mecA était le test faussement positif résultant de la présence simultanée de méthicilline S aureus MSSA et CoNS MR-CoNS résistant à la méthicilline dans des échantillons mélangés Pour surmonter cette limitation, les essais commerciaux largement utilisés ciblent un région sur le génome S aureus qui lie la cassette staphylococcique chromosome mec SCCmec où elle insère, la jonction SCCmec-orfX Cette cible ne contient pas elle-même mecA Ce test a démontré de bonnes caractéristiques de performance, même si certaines souches de MSSA contiennent cette cible comme résultat d’avoir « perdu » le gène mecA par excision ou mutation les soi-disant mecA dropout souches ou variantes de cassettes vides Bien que initialement considérées comme rares, ces souches ont rapidement été reconnues comme étant des causes fréquentes de tests faussement positifs. , presque% de tous les tests positifs utilisant le test Xpert MRSA Cepheid, Sunnyvale, Californie étaient faussement positifs en raison de MSSA contenant des éléments SCCmec sans le gène mecA La modification de cette inclusion test des amorces mecA a largement résolu ce problème, bien que le test puisse être encore vulnérable aux faux positifs de la présence simultanée d’une cassette vide de MSSA et d’un MR-CoNS Données récentes provenant du MOSAR g roup suggère également que certains MR-CoNS peuvent seuls donner des résultats faussement positifs en raison de l’homogénéité de la région SCCmec-orfX Ces problèmes de positivité fausse peuvent entraîner des valeurs prédictives faiblement positives & lt;% dans les populations à faible prévalence Faux Les tests positifs ne sont pas le seul problème pour les tests moléculaires actuels de MRSA Comme cela a été largement rapporté, des souches de SARM avec des éléments SCCmec divergents et des gènes mecA peuvent entraîner des tests faussement négatifs Le Groupe de travail international sur la classification des chromosomes staphylococciques Éléments ont récemment publié un guide pour la notification de nouveaux homologues du gène mecA La fréquence et la portée de ces souches ne sont pas encore connues, mais une surveillance continue et un catalogage des différents types de mecA seront nécessaires pour que les tests de détection moléculaire suivent l’évolution. de MRSATes questions relatives au dépistage moléculaire du portage du SARM soulignent l’importance de l’utilisation continue de la culture en parallèle pour aider à Les avantages supplémentaires de continuer à pratiquer la culture sont de fournir un organisme pour les tests de typage moléculaire et de susceptibilité, y compris les tests contre les agents utilisés pour la décolonisation topique, tels que la mupirocine et la chlorhexidine . considérablement plus de flexibilité pour tester les sites corporels qui ne respectent pas les indications approuvées par la FDA pour les tests moléculaires commerciaux, et qui doivent également être échantillonnés pour améliorer la sensibilité de détection du portage de SARM Ainsi, le test moléculaire est utilisé pour réduire le TAT. remplacer la table de culture

Gènes de résistance partagés par les commensaux mecA dans CoNSvanB dans les anaérobies intestinaux Gène de résistance non exprimé ou important sur le plan épidémiologique Chromosome AmpC céphalosporinase chez Escherichia coli Résistance phénotype multifactorielle Résistance au carbapénème associée à la mutation de la protéine porine Surexpression AmpC Evolution naturelle et mutation de gènes de résistance Variantes vides de cassettes de MSSANovel mecA homologuesEmergence de nouvelles β-lactamases Aucun organisme disponible pour le typage moléculaire, test de susceptibilité supplémentaire, ou validation prospective de test Largement applicable aux tests moléculaires, nécessite une culture en parallèle Approved / validé seulement pour le type d’échantillon MRSA nares-tests seulement manque des transporteurs à d’autres sites du corps, par exemple, la gorge, la peau Exemples de défi Gène de résistance partagée par commensals mecA dans CoNSvanB dans les anaérobies intestinales Resista gène nce non exprimé ou épidémiologiquement important AmpC céphalosporinase chromosomique chez Escherichia coli Résistance phénotypique multifactorielle Résistance au carbapénème associée à la mutation de la protéine porine Surexpression AmpC Evolution naturelle et mutation des gènes de résistance Variantes vides des cassettes de MSSANovel mecA homologuesEmergence de nouvelles β-lactamases Aucun organisme disponible pour le typage moléculaire Essai de sensibilité supplémentaire, ou validation prospective du test Largement applicable aux tests moléculaires, nécessite une culture en parallèle Approuvé / validé uniquement pour le type d’échantillon MRSA nares tests seulement manque des transporteurs sur d’autres sites du corps, par exemple, gorge, peau Abréviations: CoNS, coagulase- staphylocoques négatifs; SARM, Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline; MSSA, Staphylococcus aureus sensible à la méthicilline ViewOther d’autres méthodes rapides pour la détection du portage SARM sont en cours de développement, mais ces tests ne sont pas largement adoptés ou encore approuvés par la FDA pour des tests directs sur des échantillons mixtes, par exemple

ENTEROCOCCUS RÉSISTANT À LA VANCOMYCINE

Dans les hôpitaux américains, l’ERV est la cible la plus fréquente des tests de détection du transport de MDRO. La résistance à la vancomycine des entérocoques est assurée par plusieurs gènes appelés vanA, vanB, vanC, vanD, etc. Parmi ceux-ci, vanA et vanB prédominent parmi les entérocoques cliniquement significatifs. les seuls qui ont une signification épidémiologique majeure en raison de la transmissibilité des gènes de résistance et du potentiel d’éclosion Les tests en culture pour la détection du transport des ERV prennent traditionnellement des heures ou plus, si bien que les ERV semblent être une bonne cible pour la détection rapide. Les défis de la détection rapide du transport des ERV découlent du fait que le réservoir d’ERV se trouve dans le microbiote riche de l’intestin, une communauté microbienne profondément touchée pendant l’hospitalisation et par la réception d’un traitement antimicrobien. et / ou les dosages de détection de vanB ont des limites de détection inférieures allant des unités de formation de colonies par moulin iliter [,,], il est donc possible que l’ERV soit présent à des niveaux inférieurs à la détection à l’admission à l’hôpital et devienne détectable après la réception des antimicrobiens entraîne l’expansion de la population ERV Cette séquence d’événements pourrait être mal interprétée Un autre problème lié à la détection directe des ERV dans la flore fécale est que les anaérobies intestinaux peuvent également porter le déterminant de résistance vanB parce que vanB est aussi moins prévalent dans les ERV que vanA, publié les évaluations de la performance des tests rapides de détection vanB révèlent des valeurs prédictives positives aussi faibles que% -% Etant donné que les tests rapides de dépistage des ERV moléculaires ne sont utiles que pour le dépistage des entérocoques certains États, peu d’enthousiasme s’est développé pour le dépistage systématique de l’état de porteur d’ERV. Les ERV sont beaucoup moins communs que les SARM et ont tendance à toucher un plus petit sous-ensemble de patients fortement immunodéprimés . Deuxièmement, il n’y a pas d’options de décolonisation efficaces pour les porteurs d’ERV, comme pour les porteurs de SARM. les tests de dépistage disponibles ne sont pas aussi efficaces que ceux du SARM, et les résultats des tests sont plus difficiles à interpréter, en raison de certaines des considérations que nous avons exposées ci-dessus

TIGES GRAM NÉGATIVES RÉSISTANT AUX MULTIDRUGES

Comparé au SARM et au VRE, pour lequel un seul gène mecA, vanA fournit une norme d’or pour la détection MDRO, MDR-GNRs présentent un défi beaucoup plus grand Les mécanismes de résistance parmi MDR-GNR sont multiples et très complexes , et il n’y a pas d’accord général Autour de la définition de MDR-GNR entre espèces En plus de la multiplicité des cibles potentielles pour les tests rapides, la simple présence d’un gène de résistance ne signifie pas que le gène est exprimé ou préoccupant épidémiologiquement comme un risque de propagation rapide. En outre, certains phénotypes de résistance importants impliquent des mécanismes multiples, par exemple, la résistance au carbapénème des niveaux élevés de production de céphalosporinases en combinaison avec des mutations de protéines porines. Tous ces facteurs ont retardé le développement et la disponibilité de tests MDR-GNR rapides pour application directement sur des échantillons de patients La plupart des laboratoires qui effectuent des dépistages pour le transport MDR-GNR utilisent une variété de culture-base Comme il est devenu évident que la plupart des laboratoires cliniques n’ont pas la capacité de caractériser la base moléculaire de la résistance chez les GNR, le Clinical and Laboratory Standards Institute a abaissé la concentration minimale inhibitrice des points de rupture MIC pour les entérobactéries contre les céphalosporines. et les carbapénèmes, suggérant que les décisions thérapeutiques devraient être basées sur les CMI plutôt que sur la connaissance du mécanisme de résistance Les nouveaux points de rupture inférieurs évitent la nécessité d’un test de confirmation des β-lactamases à spectre étendu ou d’une confirmation de la carbapénémase. Le résultat de ce changement dans les critères d’essai et d’interprétation a été la perte de données épidémiologiques pour certains préposés à la prévention des infections qui se sont appuyés sur ces tests de confirmation pour guider les activités de prévention , et ont également augmenté le nombre de isolats caractérisés comme résistants aux céphalospori ns et carbapénèmes, avec des implications majeures pour la prévention des infections Un établissement a signalé que ce changement a entraîné une augmentation du nombre de MDR-GNR identifiées et une augmentation concomitante de l’utilisation des précautions de contact par les hôpitaux . : Quels MDR-GNR nécessitent des interventions supplémentaires ou extraordinaires de prévention des infections, et qui ne le sont pas? Les MDR-GNR qui ont le plus grand potentiel de propagation rapide et d’épidémies dévastatrices sont celles qui hébergent les β-lactamases incluant et surtout les carbapénémases. les lactamases, dont certaines sont déjà endémiques dans de nombreux hôpitaux américains, et quelques-unes d’entre elles sont des problèmes de santé publique mondiaux provoquant des épidémies mortelles qui se propagent largement [Tableau] énumère plusieurs des plus importantes β-lactamases actuellement répandues. utilisation dans les laboratoires de référence se concentrent sur ou plus de ces β-lactamases, avec un focus récent sur les KPC de Klebsiella pneumoniae carbapénémases. Récemment, les chercheurs ont rapporté une détection plus rapide des organismes producteurs de KPC en utilisant soit un enrichissement en bouillon abrégé réduisant le TAT en heures – heures , avec un% de sensibilité ou un test direct à partir d’écouvillons nasaux et rectaux avec un TAT de seulement quelques heures

Tableau Principales β-lactamases d’importance épidémiologique Classification Bush-Jacoby Classe moléculaire Nom commun Exemple β-lactamases Nombre de types C Céphalosporinase OXA, type AmpC beaucoup sont A β-lactamase à spectre étendu SHV, TEM, CTX-M df D Carbapénémase OXA- -comme A Carbapenemase KPC, PME B Metallo-β-lactamase NDM, IMP, VIM Bush-Jacoby Classification Classe Moléculaire Nom Commun Exemple β-lactamases Nombre de Types C Céphalosporinase OXA, AmpC types beaucoup être Une β-lactamase à spectre étendu SHV , TEM, CTX-M df D Carbapénémase OXA – comme f A Carbapénémase KPC, PME B Métallo-β-lactamase NDM, IMP, VIM View LargeMême plus difficile sera de développer des approches de criblage rapide appliquées directement aux échantillons de multiples β-lactamases La méthode disponible la plus prometteuse pour la détection simultanée de cibles multiples repose sur la technologie des micropuces Check-Points, Wageningen, aux Pays-Bas, qui a démontré e capacité de détecter avec précision plusieurs β-lactamases importantes lorsqu’il est appliqué à des colonies bactériennes isolées Il reste à voir si cette technologie, ou les méthodes de PCR multiplex en temps réel qui sont en cours de développement par plusieurs entreprises, seront performantes des échantillons complexes de patients, par exemple, des écouvillons rectaux pour réduire TAT Ces tests moléculaires nécessiteront également une mise à jour continue, pour incorporer la détection de nouveaux gènes β-lactamase qui peuvent survenir par des mutations mineures Bien que la détection vraiment rapide du transport MDR-GNR n’est pas encore largement disponible, capable de détecter avec précision les mécanismes de résistance MDR-GNR les plus importants serait une avancée considérable sur la capacité de la plupart des laboratoires cliniques à caractériser les MDR-GNR et les programmes de prévention des infections et les autorités de santé publique pour mieux suivre les résistances émergentes

ADOPTERA DES ESSAIS DE DÉTECTION RAPIDE RÉDUIRE LES TAUX DE TRANSMISSION ET D’INFECTION DU MDRO

Comme la technologie pour la détection rapide des transporteurs MDRO avance, la question la plus importante est de savoir si une telle technologie sera utile pour réduire les taux de transmission et d’infection du MDRO. Comme discuté précédemment, la surveillance MDRO active repose sur l’hypothèse que la détection des MDRO non infectés empêcher la transmission du MDRO, par exemple, prendre des précautions contre le contact ou prévenir l’infection chez les porteurs, par exemple, la décolonisation Les données publiées à l’appui de cette hypothèse sont faibles et contradictoires; cependant, certains des essais les mieux conçus ne démontrent aucun impact de la surveillance active du SARM Notamment, les partisans de la surveillance active du MDRO reprochent parfois la lenteur du TAT des résultats pour l’échec de certaines études à démontrer l’efficacité

Figure Vue largeTélécharger la diapositiveComposants du temps d’exécution réel d’un test de laboratoireFonctionnalité Voir grandTélécharger la diapositiveComposants du délai d’exécution réel d’un test de laboratoirePour déterminer si tel est le cas, nous avons besoin d’études comparant le test TAT MDRO rapide à un test de culture lent. tests, utilisant des groupes témoins simultanés et mesurant des résultats significatifs Événements de transmission / acquisition MDRO et d’infection Ces études ont été réalisées uniquement pour le test SARM, et sont résumées dans des revues systématiques récentes Les deux revues ont trouvé la littérature existante et les études individuelles avoir des limitations importantes; Par conséquent, il n’a pas été démontré de manière convaincante que les tests de détection rapide du SARM réduisent la transmission du SARM ou les taux d’infection par rapport au dépistage en culture. Cependant, certaines des études les mieux conçues ont seulement permis de réduire le TAT global. les tests PCR rapides à – heures Ceci réitère le défi décrit plus haut, de mettre en place un système pour accélérer tous les aspects des tests, y compris le bras postanalytique extrêmement important de la notification et de l’intervention

Tableau Sommaire des études évaluant l’impact de la détection rapide et résistante à la culture de Staphylococcus aureus résistants à la méthicilline SARM, limité à ceux utilisant des groupes témoins simultanés et signalant une infection à SARM ou des résultats de colonisation Conception de l’étude TAT Différence SARM Résultat Limites majeures Aldeyab et al Non randomisé essai de croisement en cluster PCR: h Culture: h Pas de différence dans les taux d’événements acquisition infection Long TATs non randomisés Hardy et al Essai de croisement de cluster non randomisé PCR: h Culture: h Taux d’acquisition réduit dans le groupe PCR vs par lit-jours Long TATs non randomisésPlus non filtrés dans % de porteurs de SARM placés dans des chambres d’isolement Jeyaratnam et al Essai de croisement randomisé en grappe PCR: h Culture: h Pas de différence d’acquisition ou d’infection PCR longue TAT Design d’étude TAT Différence MRSA Limites majeures du résultat Aldeyab et al Croisement de grappes non randomisées essai PCR: h Culture: h Pas de différence dans les taux d’événements acquisition infection Long TATs non randomisés Hardy et al Essai de croisement de cluster non randomisé PCR: h Culture: h Taux d’acquisition réduit dans le groupe PCR vs par lit-jours TAT ​​longs Non randomisésPlus non testés dans le bras de culture % décolonisés dans le bras PCR vs% dans le bras de cultureSeulement% des porteurs de SARM placés dans des chambres d’isolement Jeyaratnam et al Essai croisé randomisé en groupes PCR: h Culture: h Pas de différence d’acquisition ou d’infection Long PCR TAT Abréviations: SARM, résistant à la méthicilline Staphylococcus aureus; PCR, amplification en chaîne par polymérase; En plus des études cliniques comparatives, plusieurs groupes ont réalisé des études de modélisation pour déterminer l’impact probable des tests rapides de SARM sur les résultats , et ont constaté que l’amélioration du TAT par rapport aux méthodes de culture ne procurait que peu de bénéfices Ainsi, à l’heure actuelle, il n’y a pas suffisamment de preuves pour conclure que les investissements dans les tests MDRO rapides de routine réduiront les taux de transmission ou d’infection par le MDRO. Cependant, il y a des raisons de penser que nombre de jours d’isolement par précaution de contact selon les politiques qui impliquent l’isolement préventif de tous les patients admis ou de ceux ayant des antécédents de MDRO Compte tenu des conséquences négatives que les précautions de contact peuvent avoir sur la satisfaction des patients, la sécurité des patients et le coût des soins. , cet impact de la détection rapide de MDRO devrait être considéré dans ces hôpitaux La documentation existante sur les tests rapides de SARM ne tient pas compte de l’importance potentielle d’une notification rapide des résultats lors de l’utilisation d’une surveillance active pendant une éclosion MDRO. En cas d’éclosion, la détection rapide et l’isolement des porteurs peuvent constituer des étapes importantes. spread spread Parce que certains MDR-GNR, tels que K pneumoniae produisant du KPC, peuvent provoquer des flambées explosives, mortelles et difficiles à contrôler , tout test permettant de détecter plus rapidement les porteurs serait important dans la riposte aux flambées. comme le SARM est endémique dans les établissements de santé du monde entier, la littérature sur les tests de SARM ne tient pas compte de l’impact potentiel d’une détection précoce d’un MDRO qui n’a pas encore été détecté dans un lieu donné. Les méthodes phénotypiques font en sorte qu’une MDR-GNR émergente pourrait se propager dans un établissement. Avant sa découverte Ainsi, une méthode moléculaire largement disponible qui détecte rapidement et avec précision les MDR-GNR épidémiologiquement importantes constituera un pas en avant important pour les laboratoires cliniques.

DIRECTIONS FUTURES

En raison des nombreux défis discutés ici, la détection rapide du MDRO reste à ses balbutiements, les tests n’étant disponibles que pour le SARM. Les travaux futurs amélioreront les options de tests rapides pour d’autres MDRO émergents, y compris les nouveaux MDR-GNR qui sont de plus en plus importants pour la santé publique. Ces tests qui ont de bonnes caractéristiques de performance seront des compléments utiles lors de la gestion des éclosions MDRO ou lorsque les taux d’un MDRO spécifique sont élevés et ne répondent pas aux approches de prévention MDRO standard «tierces» Dans le même temps, des essais cliniques bien conçus Les taux d’infection et de colonisation endémiques par MDRO sont associés à de nombreux facteurs qui, si l’on veut détecter tout avantage supplémentaire de la détection rapide des MDRO, nécessiteront des tests de prévention des MDROs. grands essais multicentriques randomisés en grappes Ces essais seront difficiles à réaliser et Cependant, le financement de telles études est une étape essentielle pour déterminer la meilleure façon d’aborder la prévention MDRO dans le futur, et vaudra donc plus que la peine de l’investissement

Remarque

Conflits d’intérêts potentiels DJD a reçu un financement de recherche de bioMérieux et Innovative Biosensors pour évaluer les diagnostics de détection de la résistance aux antimicrobiens. Le MAP ne déclare aucun conflit potentiel lié à cet examen. Les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels. le contenu du manuscrit a été divulgué