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La mise en œuvre de GenoType MTBDRplus réduit le temps d’initiation à la tuberculose multirésistante en Afrique du Sud

Contexte Le diagnostic de la pharmacorésistance et l’instauration rapide d’un traitement multirésistant contre la tuberculose multirésistante sont essentiels pour réduire la transmission et améliorer les résultats pour les patients http://kamagrafrance.eu. Nous avons cherché à déterminer si la mise en œuvre du diagnostic rapide MTBDRplus raccourcissait le délai entre le prélèvement et le traitement. analyse de cohorte rétrospective de patients atteints de tuberculose MDR traités à Brewelskloof, un hôpital de tuberculose rural dans la province du Western Cape, Afrique du Sud, entre et Résultats Quatre-vingt-neuf patients ont été testés en utilisant une culture liquide conventionnelle et un test de sensibilité aux médicaments. l’essai MTBDRplus après des bacilles acido-résistants positifs ou la culture Le temps médian entre l’échantillon et l’initiation de la thérapie a été réduit de l’intervalle interquartile de jours – pour le DST conventionnel à jours IQR – avec le MTBDRplus. les essais ont persisté à la fois dans le laboratoire et dans l’infrastructure clinique pour initier les patients au traitement. En analyse multivariée, les patients testés avec le test MTBDRplus avaient un risque réduit de commencer le traitement plusieurs jours après la collecte des expectorations de P & lt; L’utilisation de MTBDRplus a réduit significativement le délai d’initiation du traitement contre la tuberculose multirésistante. Cependant, la déclaration de l’antibiogramme aux cliniques a été retardée de plus d’une semaine en raison, en partie, des résultats opérationnels du laboratoire. retards, y compris la dépendance au frottis et à la culture avant la performance MTBDRplus En outre, une fois que la tuberculose multirésistante a été rapportée, les retards dans le contact avec les patients et le début du traitement nécessitent des améliorations de l’infrastructure clinique

tuberculose multirésistante, MTBDRplus, diagnostic moléculaire rapideLe contrôle positif de la tuberculose dépend d’un diagnostic précoce et d’un traitement efficace des cas actifs afin d’éviter la propagation à de nouveaux individus Globalement, le test le plus largement utilisé pour détecter la tuberculose active est la microscopie des frottis. de tous les cas et ne détermine pas si le patient est infecté par une souche de Mycobacterium tuberculosis résistante aux médicaments Détection basée sur la culture suivie de tests de sensibilité aux médicaments en culture DST retarde le diagnostic de plusieurs semaines à plusieurs mois Reconnaissance de la pharmacorésistance Les patients atteints de tuberculose multi résistante à la tuberculose, définie comme une résistance à l’isoniazide INH et à la rifampicine RIF, et à la tuberculose ultrarésistante XDR, définie comme une tuberculose multirésistante, plus une résistance à une fluoroquinolone et une agent injectable, signe les résultats du traitement sont nettement plus mauvais que ceux des patients sensibles aux médicaments, en particulier lorsque les patients sont traités avec des schémas thérapeutiques de première intention Reconnaissant ce besoin urgent d’améliorer la capacité des laboratoires à détecter la résistance aux médicaments au moment du diagnostic. a approuvé l’utilisation de nouveaux diagnostics moléculaires rapides, y compris le MTBDRplus Hain Lifescience GmbH, Nehren, Allemagne et Xpert MTB / RIF Cepheid, Sunnyvale, Californie MTBDRplus est un test de sonde de ligne moléculaire qui détecte les mutations dans le gène rpoB, qui est associé à la résistance RIF, et dans le gène katG et la région promoteur inhA, qui sont associés à la résistance INH. Les études d’évaluation initiales de MTBDRplus se sont concentrées sur la précision du test pour identifier la tuberculose MDR. En, les chercheurs ont réalisé un grand projet de démonstration dans le laboratoire à haut volume du National H Les services de laboratoire de santé NHLS au Cap, Afrique du Sud, et les résultats interprétables rapportés du test moléculaire en jours En outre, ils ont estimé que le temps total de la collecte de l’échantillon au diagnostic devrait être & lt; En s’appuyant sur ces résultats et sur l’approbation de l’OMS, MTBDRplus a remplacé l’antibiogramme basé sur la culture traditionnelle pour les médicaments de première ligne INH et RIF pour tous les échantillons à frottis positif et à culture positive. Dans la présente étude, nous avons cherché à déterminer si la mise en œuvre de ce test raccourcissait le délai entre la collecte des échantillons et le début du traitement des patients atteints de MDR dans un district rural d’Afrique du Sud.

Méthodes

Population étudiée

Nous avons mené une étude de cohorte rétrospective de tous les patients ayant initié un premier traitement de tuberculose multirésistante à l’hôpital de Brewelskloof, l’hôpital de référence pour la tuberculose dans les districts ruraux de Cape Winelands East et Overberg, dans la province du Western Cape en Afrique du Sud. les patients se présentent initialement à leur clinique de santé primaire et hôpital de référence et sont transférés à Brewelskloof une fois le diagnostic de tuberculose MDR posé. La population de cette région vit dans de petites villes, où les cliniques sont généralement à distance de marche Patients ayant eu une tuberculose confirmée par culture avec une résistance documentée à l’INH et au RIF et ayant ensuite commencé un traitement standardisé contre la tuberculose multirésistante comprenant des médicaments de seconde intention tels qu’une fluoroquinolone et un agent injectable. Nous avons exclu les patients s’ils avaient été préalablement traités pour MDR ou Tuberculose RIF-monoresistant parce qu’ils nous Nous avons également exclu les patients si le type de DST effectué n’a pas été enregistré. Les dossiers hospitaliers ont été extraits en utilisant un formulaire normalisé pour l’âge, le sexe, la race et l’indice de masse corporelle du patient; le statut VIH du virus de l’immunodéficience humaine, le nombre de CD et la thérapie antirétrovirale; antécédents de toxicomanie; état civil; adresse de la ville par rapport à la ferme; antécédents de tuberculose; date de collecte des expectorations; bacilles acido-alcoolo-résistants; site de la maladie; et le début du traitement MDR Le protocole d’étude a été approuvé par le Comité d’éthique de la recherche en santé, Université de Stellenbosch, et le Bureau de l’administration de la recherche humaine, l’exemption de l’école de santé publique de Harvard

Tests de sensibilité aux médicaments

Les échantillons de patients ont été recueillis dans leurs cliniques de santé primaires et hôpitaux de référence puis transportés à environ 100 km pour être testés au NHLS à Green Point, Cape Town, Afrique du Sud. NHLS est le laboratoire de référence sur la tuberculose de la Province du Cap Occidental. Système d’accréditation à la conformité ISO En Afrique du Sud durant cette période d’étude, les cliniciens ou les infirmières ont ordonné des antibiogrammes pour la résistance aux INH et aux RIF si les patients avaient été traités pour tuberculose, avaient des frottis positifs persistants ou des cultures après des mois de traitement. Pour tous les échantillons de patients, un frottis d’auramine concentré a été préparé et examiné suivi d’une culture en utilisant le système BACTEC MGIT BD Diagnostics Systems, Sparks, MD, y compris les tubes indicateurs de croissance mycobactérienne avec PANTA et OADC Positif les cultures étaient celles qui étaient positives pour les BAAR en utilisant Ziehl-Neelsen stainin g et confirmé par la suite en tant que complexe M tuberculosis en utilisant le test d’acide p-nitrobenzoïque ou le test immunochromatographique Capilia tuberculosis postérieurement au milieu, la DST a été réalisée indirectement en utilisant la méthode des proportions sur les géloses Middlebrook h agar avec μg / mL RIF et μg / mL INH Après le milieu, le MTBDRplus diagnostique rapide remplacé ADN culture DST a été extrait d’une partie des sédiments décontaminés, suivie amplification par réaction en chaîne polymérase multiplex et hybridation inverse en utilisant le test MTBDRplus, selon les instructions du fabricant Nous avons extrait les enregistrements NHLS en utilisant un formulaire normalisé pour le type de DST effectué; spécimen de date enregistré au laboratoire; date du frottis d’auramine rapporté; et la date à laquelle le résultat du DST génotypique ou de culture a été signalé par télécopieur à l’établissement à partir duquel le patient a initialement recueilli l’échantillon

Méthodes statistiques

Nous avons cherché une tendance linéaire en diminuant le délai pour rapporter les résultats dans la période avant le milieu afin d’exclure la diminution du temps due à une tendance séculaire plutôt que le diagnostic rapide. Nous avons dichotomisé le temps entre la collecte des échantillons et le début du traitement. ≥ Nous avons utilisé la régression de Poisson avec des estimateurs robustes de la variance pour estimer le risque relatif univariable d’initiation du traitement MDR ≥ ≥ jours ou moins, période où les patients en traitement empirique de première intention sont évalués pour la première fois jours après la collecte des échantillons et les facteurs de risque potentiels, y compris le type de DST effectué Caractéristiques associées à l’initiation du traitement MDR ≥ jours après le prélèvement des expectorations à un P & lt; Pour analyser les données manquantes, nous avons effectué des analyses de régression multivariées sur des ensembles de données qui ont été multi-imputés en utilisant des covariables et des résultats. Nous avons effectué l’imputation en utilisant des méthodes de Monte Carlo de chaîne de Markov. SAS Institute et estimations des effets groupés pour l’ensemble des ensembles de données Caractéristiques significatives à P & lt; ou changé la taille de l’effet de la variable primaire, c’est-à-dire, la méthode DST, de plus de% ont été conservés dans le modèle multivarié Nous avons effectué des analyses statistiques en utilisant SAS, version

RÉSULTATS

Caractéristiques de la population étudiée

Nous avons exclu les patients ayant déjà reçu un traitement antituberculeux MDR à l’hôpital de Brewelskloof entre janvier et janvier. Nous avons exclu les patients présentant des antécédents de tuberculose pharmacorésistante: ayant précédemment démontré une monorésistance au RIF et ayant précédemment démontré ou présumé une tuberculose multirésistante. L’âge moyen était les années SD et% étaient des femmes Tableau L’IMC moyen était SD Soixante patients étaient séropositifs et% n’avaient pas été testés pour le VIH Parmi les patients séropositifs pour lesquels le nombre de CD était disponible, la médiane était intervalle interquartile [IQR] – Soixante-neuf patients étaient positifs au frottis Cent soixante et onze patients% avaient seulement une maladie pulmonaire, et% avaient une maladie extrapulmonaire ou pulmonaire et extrapulmonaire Quatre-vingt-neuf patients recevaient une DST basée sur la culture et% recevaient le MTBDRplus test

Tableau Caractéristiques démographiques et cliniques des tuberculeux multirésistants testés avec un test de sensibilité aux médicaments en culture ou MTBDRplus DST basé sur la culture caractéristique, N = MTBDRplus, N = Femme / / Âge moyen, années SD Race Cape Colorée / / Black / / Blanc / / IMC moyen, N = SD VIH positif / / CD médian, N = IQR – – ART au début MDR tuberculose / / Nouveau cas de tuberculose / / Positif AFB frottis / / Site de la maladie Pulmonaire / / Extrapulmonaire / / Les deux pulmonaire extrapulmonaire / / Marié / / Consommation d’alcool / / Tabagisme / / Usage de drogues / / Adresse municipale / / Caractéristique DST basée sur la culture, N = MTBDRplus, N = Féminin / / Âge moyen, années SD Race Cape Coloré / / Noir / / Blanc / / IMC moyen, N = SD VIH positif / / CD médian, N = IQR – – ART au départ MDR tube r r r / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / Data Data Data Data Data Data Data Data % des patients, sauf indication contraireAbbreviations: BAAR, bacilles acido-alcoolo-résistants; ART, thérapie antirétrovirale; IMC, indice de masse corporelle calculé comme le poids en kilogrammes divisé par le carré de la taille en mètres; DST, test de sensibilité aux médicaments; VIH, virus de l’immunodéficience humaine; IQR, intervalle interquartile; MDR, multirésistant aux médicaments; SD, écart-typeView Large

Temps médian pour l’initiation du traitement MDR

Le délai médian d’initiation du traitement MDR était de jours IQR – chez les patients testés avec DST en culture contrairement aux jours IQR – chez les patients testés avec MTBDRplus Tableau Cette réduction dans le temps a été limitée à la phase de traitement en laboratoire jours IQR – pour les tests basés sur la culture à une médiane de jours IQR – lors de l’utilisation de MTBDRplus Parmi les patients testés avec MTBDRplus, les cas à frottis positif ont été traités par le laboratoire une médiane de jours IQR – avant que la résistance soit rapportée par rapport à un médiane des jours IQR – pour les frottis négatifs Le temps requis pour transporter l’échantillon des établissements régionaux au NHLS est resté une médiane de jours pour les deux groupes de DST Dès le jour où le laboratoire a signalé une résistance, les patients atteints de maladie extrapulmonaire ont commencé le traitement une médiane de jours. IQR – plus tard, alors que les patients atteints de maladie pulmonaire seulement ont commencé une médiane de jours IQR – plus tard Il n’y avait pas linéaire tendance à réduire le délai de présentation des résultats avant la mi-

Délai d’attente moyen médian par méthode d’essai de sensibilité aux médicaments, jours Interquartile DST variable basée sur la culture MTBDRplus Total N Prélèvement d’échantillons pour commencer le traitement MDR – – Prélèvement d’échantillon à l’échantillon arrivé au laboratoire – – Temps de traitement en laboratoire – – Notification clinique du DST Traitement MDR – DST à culture variable MTBDRplus Total N Prélèvement d’échantillons pour commencer le traitement MDR – – Prélèvement d’échantillon à l’échantillon arrivé au laboratoire – – Temps de traitement en laboratoire – – Notification clinique du DST pour commencer le traitement MDR – – Abréviations: DST, médicament test de sensibilité; MDR, multirésistant aux médicamentsView Large

Facteurs de risque du délai d’initiation du traitement

Soixante-quatre% des patients qui ont été testés avec MTBDRplus ont commencé le traitement avant jours vs MTBDRplus% des patients qui ont été testés avec DST en culture En régression univariée, la réception du rapport de risque test MTBDRplus [RR] =; % CI, -; P & lt; , un frottis AFB positif RR =; % CI, -; P =, et ayant une adresse de ville RR =; % CI, -; P = ont été associés au traitement de la MDR de départ en moins de jours Tableau Patients ayant une maladie pulmonaire seulement RR =; % CI, -; P = et qui a fumé ou a déjà fumé RR =; CI, -; P = étaient plus susceptibles de commencer le traitement MDR à jours ou plus En analyse multivariée, les patients testés avec MTBDRplus avaient un risque réduit de commencer le traitement jours ou plus après la collecte des expectorations de% CI, -; P & lt; par rapport aux patients testés avec un DST basé sur la culture, après ajustement pour l’état des frottis et le site de la maladie L’usage du tabac et l’adresse de la ville ne répondaient pas aux critères pour rester dans le modèle multivarié final

Tableau Prédicteurs de l’initiation du traitement multirésistant ≥ Nombre de jours après la collecte de l’échantillon Analyse univariée Analyse multivariéea Variable N Rapport de risque% CI P Valeur Ratio de risque% CI P Valeur MTBDRplus – & lt; – & lt; Femme – … Age, années – … Cape Couleur – … IMC – … VIH positif – … Nouveau cas de tuberculose – … Fréquence AFB positive – – Pulmonaire – – Mariée – … Consommation d’alcool – … Tabagisme – … Usage de drogues – … Adresse municipale – … Analyse univariée Analyse multivariéea Variable N Rapport de risque% CI P Valeur Ratio de risque% CI P Valeur MTBDRplus – & lt; – & lt; Femme – … Age, années – … Cape Couleur – … IMC – … VIH positif – … Nouveau cas de tuberculose – … Fréquence AFB positive – – Pulmonaire – – Mariée – … Consommation d’alcool – … Tabagisme – … Usage de drogues – … Adresse municipale – … Abréviations: AFB, bacilles acido-alcoolo-résistants; IMC, indice de masse corporelle calculé comme le poids en kilogrammes divisé par le carré de la taille en mètres; CI, intervalle de confiance; VIH, virus de l’immunodéficience humainea N = pour analyse multivariée après imputation multipleView Large

DISCUSSION

L’utilisation de diagnostics moléculaires rapides, y compris Xpert MTB / RIF, est la stratégie actuellement adoptée pour identifier rapidement les patients atteints de tuberculose multirésistante afin de les traiter plus rapidement Même pour les cas à bacilloscopie positive, le temps passé en laboratoire des jours, beaucoup plus longtemps que prévu pour un test qui peut être lu en quelques heures, malgré l’abonnement NHLS aux programmes externes de contrôle de qualité et d’essais d’aptitude pour le test MTBDRplus. Depuis le début du programme, la NHLS a Résultats du test MTBDRplus en moins de quelques jours Marinus Barnard, communication personnelle Par conséquent, d’autres investigations sont nécessaires pour comprendre les facteurs complexes contribuant au délai total de déclaration en laboratoire, en particulier dans les environnements à haut volume où des DST de première ligne sont effectuées annuellement. de ces retards de laboratoire réduirait potentiellement le signalement de la DST d’une semaine supplémentaire. Après avoir ajusté le statut des frottis et le type de DST, nous avons constaté que les patients qui avaient une maladie extrapulmonaire, soit seuls, soit en plus de la tuberculose pulmonaire, commençaient un traitement significativement plus tôt que les patients atteints de maladie pulmonaire. Cette différence peut refléter le fait que les patients atteints d’une maladie extrapulmonaire sont plus malades et plus susceptibles d’être hospitalisés avant le diagnostic de MDR, ce qui facilite le traitement dès que le laboratoire signale le diagnostic.Le résultat du MDR est transmis du laboratoire à la clinique ou à l’hôpital. , L’initiation du traitement de la tuberculose MDR a encore été retardée d’une médiane de quelques jours Dans cette population rurale, les patients doivent être contactés une fois que le résultat est revenu; En outre, les premiers mois de traitement contre la MDR ont été le plus souvent administrés dans un hôpital en Afrique du Sud, car les contraceptifs injectables peuvent être difficiles à administrer en ambulatoire et à des fins de contrôle des infections [ ] Le temps d’initiation du traitement pourrait être raccourci si les patients ont la possibilité de recevoir des injections dans leurs cliniques locales; Nous notons des limites à notre étude. Premièrement, les patients ont été recrutés au moment du début du traitement plutôt que lorsque les spécimens ont été collectés. Cela signifie que nous n’avons pas inclus de traitement MDR ambulatoire dans les townships au Cap et dans d’autres pays limitrophes. tous les patients qui ont été testés positifs à la MDR mais qui ont été perdus de vue avant le début du traitement Étant donné que des délais de traitement plus longs sont susceptibles d’augmenter la perte de suivi, nous pensons que l’inclusion de ces patients aurait probablement augmenté la différence , nous ne savons pas si nos résultats peuvent être généralisés aux milieux urbains ou même ruraux parce que nos résultats reflètent l’infrastructure spécifique pour le diagnostic et le traitement des MDR dans ce contexte. Cependant, nous croyons que les leçons apprises de ce projet ont des implications pour d’autres en identifiant les étapes opérationnelles où des retards peuvent se produire même avec un diagnostic rapide en cours d’utilisation. Pour vérifier cette possibilité, nous avons cherché une tendance linéaire en diminuant le délai de présentation des résultats avant le milieu, mais sans en identifier un. Le seul changement formel En laboratoire, après le début du diagnostic rapide, les seuls changements intervenus dans le délai d’initiation du traitement se sont produits en laboratoire entre ces périodes, non pendant le transport ou à partir du moment où les résultats ont été rapportés à la première dose de traitement MDR des patients. , nous avons estimé que c’était une approche raisonnable pour évaluer l’association du temps à l’initiation du traitement antituberculeux MDR et le type de DST effectué. Globalement, notre étude montre que l’introduction du test MTBDRplus a conduit à une réduction significative du délai d’initiation du traitement. des tests de diagnostic rapide pour l’amélioration de la détection et du traitement de la tuberculose Les études de démonstration initiales soulignent l’importance de la recherche sur l’efficacité opérationnelle dans les milieux cliniques réels pour toutes les nouvelles technologies, telles que Xpert MTB / RIF, qui est actuellement largement mise en œuvre et pourrait se heurter Retards similaires En outre, un test rapide de détection de l’INH et du RIF est indispensable, en particulier pour les échantillons à frottis positif et à frottis négatif. En outre, une fois la tuberculose MDR détectée, une infrastructure clinique favorisant une transmission rapide de cette information aux patients et l’initiation de la thérapie est nécessaire afin d’avoir le plus grand impact sur l’amélioration des résultats et la réduction de la transmission

Remarques

Soutien financier Ce travail a été soutenu par un fonds Burroughs Wellcome / Société américaine de médecine tropicale et d’hygiène Postdoctoral Fellowship dans les maladies infectieuses tropicales K R J, le National Institutes of Health / Centre international Fogarty K TW; KRJ, et un partenaire Centre d’excellence Subvention de voyage EA KPotentiel conflits d’intérêts DT a reçu des honoraires pour une conférence de BD Diagnostics Tous les autres auteurs ne signalent aucun conflit potentiel Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits considérer pertinent au contenu du manuscrit ont été divulgués