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Impact de la détection rapide des pathogènes bactériens viraux et atypiques par réaction en chaîne de la polymérase en temps réel chez les patients présentant une infection des voies respiratoires inférieures

Contexte Tests diagnostiques rapides et sensibilité élevée aux infections des voies respiratoires inférieures Le LRTI pourrait améliorer les soins aux patients et réduire l’utilisation inutile d’antibiotiques et les coûts associés cliquez pour en savoir plus. Rendements, faisabilité et coûts de la réaction en chaîne par polymérase en temps réel PCR des écouvillons nasopharyngiens et oropharyngés Dans un essai contrôlé randomisé, les prélèvements rhinopharyngés et oropharyngés des patients admis pour le traitement antibiotique du LRTI ont été évalués par PCR en temps réel pour les virus respiratoires et les agents pathogènes atypiques, ainsi que par des méthodes conventionnelles. procédures de diagnostic Les résultats de PCR en temps réel pour les patients du groupe d’intervention ont été rapportés au médecin traitant; Les résultats pour les patients du groupe témoin n’étaient pas disponibles Résultats Un total de patients moyen âge [± écart-type], ± années incluses, dont le groupe d’intervention a été attribué Les pathogènes détectés le plus fréquemment étaient les virus grippaux, Streptococcus pneumoniae, coronavirus , Staphylococcus aureus et rhinovirus La PCR en temps réel a augmenté le rendement diagnostique des cas% de patients par rapport aux cas% de patients comparés aux tests diagnostiques conventionnels La détection des pathogènes viraux par PCR était associée à la saison hivernale, moins d’infiltrats sur les radiographies thoraciques, taux plus faibles de protéine C-réactive, et durée plus courte des symptômes L’utilisation des résultats de PCR en temps réel a entraîné l’arrêt partiel ou total du traitement antibiotique pour les patients%; % d’intervalle de confiance, -, mais l’utilisation globale d’antibiotiques était comparable dans le groupe d’intervention et la durée médiane du traitement dans le groupe témoin, vs jours; P = non significatif L’utilisation de la PCR en temps réel augmente les coûts de traitement et de diagnostic avec € par patientConclusions La mise en œuvre de la PCR en temps réel pour le diagnostic étiologique du LRTI augmente considérablement le rendement diagnostique, mais ne réduit pas l’utilisation des antibiotiques.

Le fardeau sanitaire et économique des infections nosocomiales des voies respiratoires inférieures acquises dans la communauté, telles que celles dues à la pneumonie acquise dans la communauté et celles associées aux exacerbations de la bronchopneumopathie chronique obstructive, est important et continue d’augmenter La thérapie antimicrobienne empirique du LRTI est basé sur le rôle étiologique attendu des bactéries, telles que Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Staphylococcus aureus, Legionella pneumophila, Chlamydia pneumoniae, et Mycoplasma pneumoniae En raison de la sensibilité améliorée des techniques de laboratoire, les virus respiratoires ont récemment été identifiés comme plus fréquents. L’identification rapide d’une étiologie virale du LRTI peut améliorer la prise en charge efficace du patient en influençant la décision de suspendre un traitement antibiotique, d’initier un traitement antiviral ou de mettre en place des mesures de prévention des infections [ ] Évaluation rapide de l’av Appli Biosystems Applied Biosystems Cependant, ces tests diagnostiques sont coûteux, et le rendement diagnostique et la faisabilité de la mise en œuvre dans le cadre du diagnostic de routine n’ont pas encore été démontrés. été évalué suffisamment Par conséquent, un essai contrôlé randomisé a été mené pour évaluer la faisabilité et l’impact clinique et économique de l’utilisation de la PCR TaqMan rapide pour la détection des virus respiratoires et des pathogènes atypiques chez les patients hospitalisés dans les services généraux avec LRTI

Patients, matériaux et méthodes

le développement d’un effet cytopathologique Dans les cultures avec des résultats positifs, le virus a été identifié par immunofluorescence avec des anticorps monoclonaux contre les adénovirus, virus influenza A et B, virus respiratoire syncytial et virus parainfluenza – Dako Imagen Les rhinovirus ont été identifiés par des tests de labilité des cultures en flacons, un test d’immunofluorescence utilisant les anticorps monoclonaux précités a été réalisé après des jours de culture, indépendamment du développement d’un effet cytopathologiqueIdentification des pathogènes respiratoires par analyse PCR en temps réel Des tests de détection de pathogènes viraux et atypiques ont été réalisés en parallèle moyens de PCR en temps réel spécifiques pour les virus grippaux A et B, les virus respiratoires syncytiaux A et B, les coronavirus OC et E, les virus parainfluenza, les rhinovirus, tous les adénovirus, M pneumoniae, C pneumoniae et L pneumophila. effectué comme décrit ailleurs [,,] En bref, après l’ajout de génériques contrôle de l’inhibition de l’extraction et de l’amplification, μL de surnageant nasopharyngien et de surnageant oropharyngé ont été utilisés pour l’acide nucléique total, c.-à-d. extraction ARN + ADN avec des colonnes d’extraction HighPure Nucleic Acid Roche Diagnostics Ensuite, l’ARN purifié a été utilisé pour la synthèse d’ADNc Utilisation d’hexamères aléatoires Applied Biosystems Ensuite, l’ADN et l’ADNc purifiés ont été utilisés comme entrées dans des réactions de PCR en temps réel et ont été amplifiés en utilisant le système de détection de séquence Biosystèmes appliqués La détection des produits amplifiés a été réalisée en utilisant des sondes TaqMan pathogènes ont été détectés dans des réactions d’amplification parallèles en essai. En outre, des contrôles positifs et négatifs ont été inclus dans chaque analyse pour chaque agent pathogène. Un résultat d’analyse a été validé sur la base de critères Ct prédéfinis pour le contrôle interne et les contrôles positifs. intervention diagnostique Dans un ouvert Dans l’étude, tous les patients ont été randomisés dans le groupe d’intervention ou dans le groupe témoin au moyen d’un tableau informatique. L’équipe d’étude était disponible h par jour pour inscrire les patients. Dans le groupe d’intervention, les résultats de la PCR TaqMan en temps réel devaient être signalé le plus tôt possible ⩽ h après l’obtention des échantillons auprès des cliniciens appropriés. Pour imiter les situations réelles, les décisions concernant les changements de traitement après que les résultats de l’analyse PCR étaient disponibles ont été laissées à la discrétion du médecin. La PCR a été réalisée, mais les résultats des analyses PCR n’ont pas été mis à la disposition des médecins traitants. Les médecins ont respecté les directives hospitalières décrites dans la liste des antibiotiques hospitaliers. Les modifications du traitement antibiotique et les raisons de ces modifications ont été enregistrées. des échantillons de sang ou d’expectoration ou détectés par des tests d’antigènes urinaires, dans des cultures de virus ou par PCR en temps réel. Les données cliniques hospitalières, telles que les procédures de diagnostic et les antibiotiques utilisés, ont été enregistrées. Si les patients étaient sortis dans les jours suivant l’admission, les résultats cliniques et les coûts liés aux soins de santé après la sortie du patient. Les chercheurs n’ont pas été informés de la randomisation des patients. Calculs de coûts Le point de vue des soins de santé a été utilisé pour calculer les coûts associés à l’intervention diagnostique. patients ont été calculés en multipliant les ressources utilisées par leurs coûts unitaires Les coûts des médicaments ont été déterminés en utilisant les prix néerlandais Les autres coûts comprenaient le séjour hospitalier estimé à € par jour et les procédures de diagnostic standard Coûts en temps réel PCR, y compris les coûts de main-d’œuvre et les coûts des réactifs, du matériel d’amortissement, Les autres coûts de diagnostic étaient basés sur les prix indiqués par le Collège des Pays-Bas pour les tarifs des soins de santé dans le calcul de la taille de l’échantillon et l’analyse statistique Dans le groupe témoin, tous les patients devaient recevoir un traitement antibiotique complet. sur la base d’un taux de détection attendu de% pour les pathogènes atypiques et viraux dans le groupe d’intervention et d’une estimation du nombre d’abandons possibles, des personnes devraient être incluses pour démontrer une réduction de l’utilisation du traitement antibiotique de % α =; – β = L’analyse statistique a été effectuée selon le principe de l’intention de traiter Les différences de valeurs des variables continues entre les groupes de comparaison ont été évaluées au moyen des tests t de Student pour les variables normalement distribuées et au moyen du test U de Mann-Whitney. variables avec une distribution asymétrique χ les tests ont été utilisés pour tester les différences de proportions entre les variables catégorielles entre les groupes

Résultats

Un total de patients moyen âge [± SD], ± années, moyenne Fine score , ± ont été inclus dans l’étude Parmi ceux-ci, ont été randomisés dans le groupe d’intervention, et ont été randomisés dans le groupe de contrôle groupes, mais un peu plus de patients dans le groupe d’intervention avaient reçu une table de traitement antibiotique précédent

Tableau View largeTélécharger slideCaractéristiques des patients ayant une infection des voies respiratoires inférieures LRTI dans une étude pour détecter les agents pathogènes bactériens viraux et atypiques par PCR en temps réel View largeTélécharger slideCaractéristiques des patients ayant une infection des voies respiratoires inférieures LRTI dans une étude pour détecter des pathogènes bactériens viraux et atypiques par réel Diagnostic étiologique chez les patients% dans l’étude Les analyses diagnostiques conventionnelles des cultures de sang et d’expectoration et les tests d’antigène urinaire ont montré un pathogène potentiel pour le LRTI chez les patients% PCR en temps réel augmentant le rendement diagnostique des cas% des patients aux cas % des patients Chez les patients%, les cultures standard ont donné et la PCR en temps réel a détecté les pathogènes Les virus les plus fréquemment détectés étaient les virus du virus influenza [%], S pneumoniae [%], coronavirus [%] et S aureus [%] avec C pneumoniae, M pneumoniae, ou L pneumophila ont été détectés par PCR en temps réel Il n’y avait pas significan t les différences d’étiologie entre les deux groupes d’étude

DiapositiveDétails des enquêtes étiologiques chez les patients présentant une infection des voies respiratoires inférieures dans une étude visant à détecter les agents pathogènes bactériens viraux et atypiques par PCR en temps réel View largeTélécharger les résultats d’enquêtes étiologiques chez des patients présentant une infection des voies respiratoires inférieures. pathogènes bactériens par PCR en temps réel Les patients avec un virus identifié par PCR présentaient une durée de symptômes significativement plus courte, des taux de protéine C-réactive plus bas, moins de radiographies montrant des infiltrats et étaient admis plus fréquemment en hiver que les patients PCR-négatifs. En analyse multivariée, le meilleur modèle prédictif pour la prédiction de la positivité de la PCR incluait toutes ces caractéristiques sous la courbe de fonctionnement du récepteur; % CI, –

Table View largeTélécharger une analyse de régression logistique multivariée pour détecter les caractéristiques associées aux résultats de PCR positifs chez les patients présentant une infection des voies respiratoires inférieures LRTITable View largeTélécharger une diapositiveL’analyse de régression logistique multivariée permet de détecter les caractéristiques associées aux résultats positifs de la PCR chez les patients présentant une infection des voies respiratoires inférieures. sur les décisions de traitement Dans le groupe d’intervention, les résultats de la PCR en temps réel ont été rapportés comme une durée moyenne ± ET de ± h après échantillonnage, et les patients% ont eu des résultats positifs. groupe d’intervention Chez ces patients, le traitement d’une infection possible par M pneumoniae, C pneumoniae ou L pneumophila a été interrompu en raison des résultats négatifs de la PCR. Chez ces patients, le traitement par β-lactam a été poursuivi et aucun diagnostic étiologique définitif n’a été établi. les autres patients, antibiotiques Le traitement a été interrompu lorsque la PCR était positive pour le coronavirus et le virus grippal. Comme aucune adaptation du traitement n’a été effectuée dans le groupe témoin, la réduction relative du nombre de traitements antibiotiques terminés était de% IC% -% à%. Le traitement par β-lactamines est inclus dans l’analyse, la réduction relative est de%% IC,% -% Tous les patients pour lesquels le traitement a été adapté ont été guéris cliniquement le jour. traitement clinique avec un inhibiteur de la neuramidase Evaluation clinique et économique Trois patients dans chaque groupe d’étude sont décédés% dans le groupe d’intervention et% dans le groupe témoin La durée du traitement antimicrobien était comparable dans les deux groupes d’étude, avec des durées médianes de plusieurs jours. groupe d’intervention et gamme de jours, – jours dans le groupe témoin P = non significatif Les coûts moyens des antibiotiques étaient € gamme, € – € par patient Les coûts totaux des antibiotiques étaient comparables pour les deux groupes d’étude. Traitement par inhibiteurs de la neuramidase ajouté par patient traité aux coûts du groupe d’intervention Fait important, l’utilisation de la PCR en temps réel n’a eu aucun effet sur la durée du séjour hospitalier. durée médiane du séjour des jours, – jours dans le groupe d’intervention et les jours, – jours dans le groupe témoin, et n’a pas réduit le nombre de procédures de diagnostic supplémentaires nécessaires pour exclure ou confirmer d’autres diagnostics connexes, avec un nombre comparable de cultures, analyses de gaz sanguins, angio-TDM ou bronchoscopies réalisées dans les deux groupes d’étude Le coût total par patient pour l’hospitalisation, les procédures diagnostiques et le traitement était de € dans le groupe d’intervention et de € dans le groupe de contrôle.

Tableau View largeTélécharger les résultats économiques associés à l’hospitalisation, aux procédures diagnostiques et au traitement des infections des voies respiratoires inférieuresTable View largeTélécharger la diapositiveRésultat économique associé à l’hospitalisation, aux procédures diagnostiques et au traitement des infections des voies respiratoires inférieures Dans le groupe d’intervention, les économies réelles Comparativement à ces économies, le coût total du test PCR était de € par patient. Si tous les patients sont inclus dans l’analyse, l’utilisation de la PCR en temps réel augmenterait les coûts moyens € par patient, soit% du coût du traitement et du diagnostic par patient dans le groupe d’intervention

Discussion

Le LRTI viral n’a pas réduit la durée du séjour à l’hôpital ni le nombre et les coûts des autres procédures de diagnostic et des antibiotiques. Malgré les progrès dans le domaine des soins de santé, le LRTI reste l’une des principales causes d’hospitalisation et de mortalité. et les coûts liés aux soins de santé Par exemple, la pneumonie acquise dans la communauté est responsable de ~, les hospitalisations aux États-Unis chaque année, et les coûts annuels de traitement de ces patients est d’environ $ milliards [,,,] En outre, il y a une surutilisation considérable des antibiotiques dans le traitement du LRTI, en particulier pour les infections virales L’utilisation d’antibiotiques inutiles est considérée comme une force motrice dans l’augmentation globale de la résistance aux antibiotiques La valeur clinique des méthodes diagnostiques conventionnelles telles que la culture microbiologique ou la coloration de Gram. Le LRTI est limité, en raison de sa faible sensibilité et de son retard considérable à obtenir des résultats En raison de De faibles fractions d’échantillons positifs, la coloration de Gram des échantillons d’expectoration ne peut probablement pas conduire à de fortes diminutions de l’utilisation ou des coûts des antibiotiques Par conséquent, une méthode prometteuse a été récemment évaluée. : la mesure des taux sériques de procalcitonine chez les patients présentant des symptômes cliniques de LRTI a entraîné une diminution significative de l’utilisation des antibiotiques sans effet négatif sur les résultats des patients, en particulier chez les patients atteints de bronchite aiguë . Bénéfices cliniques et économiques Dans une étude avant-après, un diagnostic rapide de LRTI viral a entraîné une réduction de% de l’utilisation d’antibiotiques chez les enfants, comparativement à l’année précédente, mais aucun bénéfice financier statistiquement significatif n’a été obtenu chez les patients adultes dans une autre étude similaire. conception Les inconvénients de ces études étaient l’utilisation de la technique d’immunofluorescence s, qui sont moins sensibles pour la détection du virus chez les patients adultes , et l’utilisation de sujets témoins historiques pour l’évaluation des coûts et des résultats En outre, les comparaisons ont été faites uniquement pour les patients infectés viraux identifiés dans la présente étude. de PCR sensibles en temps réel pour tous les patients admis avec LRTI n’a pas augmenté les avantages économiques, par rapport au groupe témoin contemporain. Le rapport coût-efficacité de la PCR en temps réel pourrait être amélioré en augmentant le rendement diagnostique ou en diminuant le coût du test. le rendement diagnostique pourrait être atteint en ajoutant plus de pathogènes au panel de tests, comme le métapneumovirus humain et les coronavirus récemment découverts , ou en effectuant une PCR en temps réel sur des échantillons d’expectorations plutôt que sur des prélèvements nasopharyngiens ou oropharyngés. les patients de notre cohorte ont produit des échantillons d’expectoration adéquats parce que la durée des symptômes au moment de la PCR était inversement proportionnelle à la Au Pays-Bas, la plupart des patients sont d’abord vus par leur médecin généraliste, et seulement les patients qui ont une présentation clinique plus sévère. ou qui ne répondent pas au traitement empirique sont référés à l’hôpital. La PCR en temps réel sera-t-elle rentable dans les cliniques externes, dans les populations de médecine générale ou dans les régions où les médecins généralistes ne voient pas encore les patients? les coûts pourraient être réduits en réduisant le nombre de pathogènes sélectionnés dans le panel d’essai ou en établissant des critères de sélection pour les patients à examiner. Par exemple, les patients admis en saison hivernale, avec apparition récente de symptômes, faibles taux de protéine C-réactive, et l’absence d’infiltrats sur les radiographies thoraciques étaient les plus susceptibles d’avoir des pathogènes viraux détectés Limiter les tests de PCR en temps réel à ces h Enfin, les médecins hésitaient à interrompre le traitement antibiotique même si la PCR détectait un virus, peut-être parce que les résultats de la culture bactérienne n’étaient disponibles qu’après la disponibilité des résultats de la PCR. Il est donc douteux que les résultats soient plus rapides , ce qui pourrait être possible dans un proche avenir avec des systèmes automatisés plus coûteux, conduira à une meilleure rentabilité. La PCR en temps réel aurait pu être plus rentable si les cliniciens avaient été moins réticents à changer de gestion clinique sur la base des résultats des tests. En conclusion, même si la détection rapide des virus respiratoires au moyen de la PCR en temps réel a considérablement augmenté le nombre de pathogènes détectés, les résultats des tests ont peu influencé la prise en charge clinique des patients et n’ont pas influencé la prise en charge clinique. réduire les procédures de diagnostic supplémentaires, l’utilisation d’antibiotiques, les coûts des antibiotiques ou la durée de l’hospita je reste

Remerciements

Soutien financier Efficiency Research Programme de l’Association des hôpitaux universitaires et la subvention du Conseil néerlandais de l’assurance maladie Conflits d’intérêts potentiels Tous les auteurs: pas de conflits