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Le test LightSNiP est une bonne stratégie pour le test pharmacogénétique

La réponse individuelle aux doses standard de médicaments a une grande variabilité en fonction de facteurs intrinsèques (âge, sexe et états pathologiques) et / ou de facteurs extrinsèques (régime alimentaire, expositions chimiques de l’environnement).L’influence de ces facteurs sur les réactions aux médicaments doit donc être prise en compte lors de la prise de décisions sur les régimes de traitement (Thummel et Lin, 2014). Néanmoins, la prise en compte de ces facteurs limite mais n’élimine pas le fort degré de variabilité interindividuelle en termes d’efficacité ou d’effets indésirables fatals. Le contexte génétique individuel explique une partie des différentes réponses médicamenteuses pharmacocinétiques et pharmacodynamiques en termes d’efficacité et de toxicité (Hertz et McLeod, 2013). Les données indiquent que les variations génétiques représentent environ 20% des différences interindividuelles dans le métabolisme et la réponse des médicaments (Karczewski et al., 2012). Les variations génétiques les plus fréquentes sont les polymorphismes mononucléotidiques (SNP), représentant environ 90% de toutes les variations génétiques humaines et se produisant toutes les 100 paires de bases (Crews et al., 2012). Certains de ces polymorphismes ont été identifiés pour de nombreuses protéines, y compris les enzymes, les récepteurs de médicaments, les transporteurs et les cibles des médicaments les plus courants. Ces polymorphismes peuvent provoquer des altérations de la quantité, de la structure, de la liaison et / ou de la fonction de ces protéines, influençant la façon dont les médicaments interagissent avec eux (Ma et al., 2012, Patel et al., 2013). L’étude de ces variants génétiques et de leur rôle dans l’amélioration de l’efficacité des médicaments et la réduction des effets secondaires, appelée pharmacogénétique, est maintenant établie dans la pratique clinique de nombreux médicaments incluant l’abacavir, l’irinotécan et 6 mercaptopurines (Ingelman-Sundberg, 2008; , 2011). Pour faciliter une mise en œuvre clinique appropriée de la pharmacogénétique, des lignes directrices ont été publiées par le Consortium de mise en œuvre clinique de la pharmacogénétique (CIPC) et le Groupe de travail néerlandais sur la pharmacogénétique (GTPP). Le but de ces lignes directrices, telles qu’elles sont clairement énoncées, est de faciliter la traduction des résultats des tests de laboratoire en décisions de prescription de médicaments spécifiques ou de classes de médicaments tels que les antagonistes de la vitamine K et les antidépresseurs tricycliques (Johnson et al. ., 2013, Hicks et al., 2013). Jusqu’à présent, plusieurs techniques ont été décrites pour détecter des SNP spécifiques, le séquençage de Sanger, l’électrophorèse sur gel en gradient dénaturant (DGGE), l’analyse du polymorphisme conformationnel simple brin (SSCP), le pyroséquençage et Sequenom étant les plus largement employés. Récemment, des techniques de criblage à haut débit et de caractérisation à grande échelle des SNP ont également été développées; ces plates-formes, cependant, sont coûteuses, non flexibles et ne sont pas pratiques pour les laboratoires de petite et moyenne taille. Plus conviviales, les méthodes de détection SNP pour les tests pharmacogénétiques sont basées sur l’amplification PCR, en conjonction avec une technologie de sonde appropriée (PCR en temps réel) comme TaqMan, Scorpion et SimpleProbe &#x000ae ;. Parmi ceux-ci, SimpleProbe ® semble d’un intérêt particulier. Le format SimpleProbe est composé d’une sonde d’hybridation, marquée avec un fluorophore; cet oligonucléotide est conçu couvrant la variante d’intérêt, mais ne participe pas au processus d’amplification. Une fois hybridée à sa séquence cible, la sonde SimpleProbe libère plus de fluorescence que lorsqu’elle n’est pas hybridée. Les changements de fluorescence qui sont exclusivement basés sur l’état d’hybridation de la sonde sont détectés par des analyses de courbes de fusion. Toute incompatibilité placée sous le SimpleProbe ® réduira les liaisons hydrogène, d’où la température de fusion, permettant ainsi l’analyse des polymorphismes. Diverses variations déstabilisent différemment les liaisons hydrogène, générant généralement des points de fusion différents et spécifiques, permettant ainsi d’identifier les polymorphismes proches de la variante envisagée, ce qui lui confère des avantages potentiels par rapport aux technologies concurrentes. Nous décrivons ici les avantages de la PCR en temps réel des dosages pour la détection de trois SNP sélectionnés pour leur implication dans la régulation des enzymes DPD et UGT1A1 (Falvella et al., 2015). Cette détection SNP est basée sur la technologie LightCycler avec SimpleProbe ® sondes (tests LightSNiP); Il a été conçu par TIB Molbiol (Berlin, Allemagne) et est une méthode de PCR en temps réel validée utilisée dans de nombreux domaines du diagnostic moléculaire. A partir de l’amplification et de la détection avec des sondes spécifiques par analyse de la courbe de fusion, il est possible d’obtenir une discrimination visuelle des allèles normaux et variants dans le statut homozygote et hétérozygote. Lors de la sélection de la technique la plus appropriée pour l’analyse d’un génotype donné, peu de considérations générales doivent être prises en compte telles que détection correcte, simplicité de la technologie et reproductibilité.