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Commentaire éditorial: Application d’une nouvelle technologie à une vieille question: le séquençage du génome entier et l’acquisition de Staphylococcus aureus dans une unité de soins intensifs

Unité de soins intensifs pour la colonisation nasale et périnéale de S aureus avec d’autres sites testés chez certains patients à l’admission puis hebdomadairement pendant le séjour en unité de soins intensifs. Les isolats de Staphylococcus aureus ont subi un typage et un séquençage du génome entier WGS Les auteurs ont défini les critères standard suivants pour déterminer que la transmission de S aureus est survenue d’un patient en soins intensifs à un autre: si un patient était colonisé avec un isolat de S aureus ayant un type de spa qui n’avait pas encore été récupéré chez lui et si cet isolat partageait un type commun avec un provenant du corps d’un autre patient qui se chevauchent durant la période de séjour en unité de soins intensifs Ces critères reposent sur l’hypothèse que d’autres patients en USI sont le principal réservoir de S aureus pouvant être transmis aux patients en soins intensifs et que la transmission du S aureus se fait d’un patient à l’autre. vraisemblablement par l’intermédiaire d’un agent de santé qui transporte transitoirement les bactéries sur les mains. La base de nombreux programmes de contrôle des infections est de prévenir Les auteurs ont identifié de nouvelles acquisitions de S aureus à l’aide des données WGS, mais les auteurs ont déterminé que le typage des spas ne pouvait pas être utilisé pour déterminer la relation entre les souches. Trois patients suspicion d’acquérir S aureus d’un autre patient de l’USI en utilisant les critères standard de typage des spas réellement portés par des isolats de S aureus génétiquement très différents lorsque les données WGS ont été utilisées pour comparer les SNV les différenciant. En outre, les patients ont acquis des isolats de S aureus étaient indiscernables ou avaient très peu de SNV les différenciant des isolats de S aureus précédemment cultivés dans le corps d’un autre patient lorsque les durées de séjour des transporteurs ne se chevauchaient pas dans le temps. Cela suggère que le type de souche bactérienne existait dans un réservoir à long terme. l’ICU, et qu’il n’a pas été transmis d’un patient à l’autre par court-t Dans l’étude de Price et al, WGS a démontré que seulement% / des isolats de S aureus nouvellement acquis étaient étroitement apparentés aux isolats colonisant d’autres patients de l’unité de soins intensifs avec un séjour en réanimation qui se chevauchait. Les auteurs ont étudié seulement les adultes et testé seulement les narines et le périnée chez de nombreux patients. Les auteurs ont trouvé que seulement% des patients testés étaient porteurs de S aureus, inférieur à la prévalence trouvée dans la plupart des études, suggérant que de nombreux isolats de porteurs pourraient ne pas être détectés. les résultats remettent en question l’idée que d’autres patients sont la principale source de nouveaux agents pathogènes nosocomiaux. Price et coll. ont découvert que S aureus a été récemment acquis par un patient en soins intensifs d’une source non hospitalisée. , travailleurs de la santé, fomites ou transport antérieur non détecté de S aureus chez un patient soupçonné d’une nouvelle acquisition Évaluation de ces possibilités Je souhaite une étude et une confirmation supplémentaires, et peut conduire à de nouvelles approches pour le contrôle de la transmission de S. aureus dans l’USI. Le spectre des souches souche S aureus communes sur chaque continent diffère, tout comme les pratiques de contrôle des infections. les types de souches, USA et USA, sont rarement identifiés au Royaume-Uni; Il est possible que ces types de souches aient une dynamique de transmission différente de celle des types de souche communs au Royaume-Uni. La séquence d’ADN d’un génome complet de S aureus a été décrite pour la première fois et la disponibilité croissante de WGS a permis son application en épidémiologie. WGS de ST MRSA isolées délimité la diffusion temporelle et géographique probable de ce type de souche commune européenne, asiatique et sud-américaine associée à la MRSA dans le monde de la s à WGS a également été appliquée à une collection d’isolats ST de personnes et animaux pour démontrer que ST S aureus humain a été transmis à des populations animales, où il a évolué, perdant des gènes codant pour des phages jugés être des modulateurs immunitaires innés humains alors les animaux ont probablement propagé des clones ST à des populations humaines qui étaient MRSA et résistaient souvent à la tétracycline [ ] WGS a été utilisé dans des études récentes dans le milieu de la santé pour délimiter la propagation de clones de S aureus unique dans Dans un cas, les soins intensifs néonatals démontraient que la source d’une éclosion de ST était probablement un travailleur de la santé et dans l’autre, se concentraient sur la dissémination d’un clone ST, identifiant un événement de transmission antérieurement non détecté . S aureus en détail, a été établi comme le nouvel étalon-or dans les études de la dynamique de transmission et de la relation de contrainte Cependant, le potentiel de WGS comme un moyen de comprendre les forces humaines ou environnementales qui commandent le changement évolutif dans S aureus, et en particulier l’évolution de son vaste génome accessoire, n’a pas encore été réalisée

Remarque

Conflits d’intérêts potentiels Les deux auteurs: Aucun conflit signalé Les deux auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs jugent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués