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Réassortiment rapide des gènes internes dans le virus de la grippe aviaire AHN

A l’éditeur-HN est un nouveau virus aviaire récemment signalé à Shanghai en Chine Très récemment, un isolat de Taïwan a également été signalé HN est capable d’infecter les humains et a causé de nombreux cas mortels Déterminer l’origine et l’évolution de ces Les virus causant des maladies sont importants pour la surveillance et la prévention des épidémies de grippe Comme de plus en plus d’isolats de HN pathogènes ont été signalés, il est important de réexaminer si ces isolats proviennent tous du même ancêtre commun et s’ils ont subi d’autres réassortiments. les études ont indiqué que les gènes internes de HN provenaient d’une seule souche HN aviaire ou d’un réassortiment de souches HN distinctes: le gène NS provenait d’une souche HN dans la région de Jiangsu, alors que les autres gènes, M, NP, PA, PB , et PB, proviennent de l’autre souche HN dans la région de Zhejiang Nos résultats sont conformes aux résultats précédents concernant les origines de HA, NA et NS; cependant, nous avons trouvé que les gènes internes restants M, NP, PA, PB et PB semblaient provenir de sources multiples puisqu’ils étaient groupés en grappes dans les arbres phylogénétiques. Figure Cependant, pour M, PA, PB et PB, chaque a un cluster avec l’A / brambling / Beijing //, suggérant qu’ils peuvent provenir de la brambling, et chacun d’entre eux a un autre cluster dû à des assortiments rapides Sur la base de ces différents clusters, les isolats HN actuels peuvent être regroupés en lignées ou génotypes Figure I

Figure Vue largeTélécharger DiapositiveLes arbres phylogénétiques à maximum de vraisemblance des gènes HA A, NA B, C NS, MD, PA E, NP F, PB G et PB H avec la méthode de quasi-vraisemblance I, Les isolats HN peuvent être divisés en: génotypes Sur chaque arbre, différents génotypes de souches HN sont représentés avec différentes formes de symboles phobie. La souche HN A / brambling / Beijing // est également indiquée par le rectangle rempli pour distinguer des autres souches HNFigure View largeDownload slideLes arbres phylogénétiques à maximum de vraisemblance des gènes HA A, NA B, C NS, MD, PA E, NP F, PB G et PB H avec la méthode de vraisemblance maximale I, les isolats HN peuvent être divisés en génotypes Sur chaque arbre, différents génotypes de souches HN sont représentés avec différentes formes de symboles La souche HN A / brambling / Beijing // est également indiquée avec le rectangle rempli pour distinguer des autres souches HN L’arbre phylogénétique du gène HN M a des clusters séparés, avec Shanghai / Patient, Hangzhou /, Shanghai / Patient, Shang hai / Patient, et Taiwan / dans un cluster fermant A / brambling / Beijing //, et les souches HN restantes formant l’autre cluster Figure D Cette observation indique que les gènes M dans ces groupes peuvent provenir de différentes souches HN Nous avons également calculé le taux de substitution nucléotidique pour chaque gène de HN Les taux de substitution nucléotidique pour les gènes d’origine unique HA, NA et NS sont approximativement inférieurs aux gènes internes restants sauf pour PB Pour PB, bien que des groupes aient été observés dans l’arbre, ils étaient génétiquement proches et, par conséquent, le taux de substitution était également inférieur Les taux de substitution élevés pour PB, NP, M et PA peuvent être causés par des causes multiples Par exemple, après avoir retiré la lignée A / Pigeon / Shanghai du jeu de données PB grappe sur l’arbre, le taux des séquences PB restantes est, beaucoup plus faible que celui d’origine, Globalement, ces résultats suggèrent que les virus HN pathogènes actuels peuvent provenir Réassortiments multiples avec différentes lignées de virus HN Les réassortiments permettent aux virus de modifier très rapidement leurs architectures génétiques, ce qui peut augmenter leur capacité à infecter les humains. Il est donc essentiel de surveiller de près l’infection et d’analyser rapidement les données disponibles, qui aidera à révéler l’image exacte de la diversité génétique du virus, et à prendre des mesures efficaces pour prévenir les épidémies potentielles d’infection

Remarques

Remerciements Nous remercions les auteurs et les laboratoires initiateurs et candidats des séquences nucléotidiques de la base de données EpiFlu de l’Initiative mondiale sur le partage de toutes les données sur la grippe. Nous tenons à remercier le Dr Weifeng Shi et le Dr Zhixi Su pour leurs commentaires sur le manuscrit. soutenu par des fonds des programmes de l’Université Tongji Conflits d’intérêts potentiels Tous les auteurs: Aucun conflit signaléTous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués